Η Γενική Εφορεία είναι το κεντρικό επιτελικό όργανο του Σ.Ε.Π. που φροντίζει για την μελέτη, τον προγραμματισμό και την εφαρμογή του προγράμματος δράσης και εκπαίδευσης των ενεργών μελών.

Η Γενική Εφορεία αποτελείται από τον Γενικό Έφορο, τον Αναπληρωτή Γενικό 'Έφορο, μέχρι δύο Βοηθούς Γενικούς Εφόρους και τους Εφόρους Κλάδων ή Υπηρεσιών της Γενικής Εφορείας με τους αντίστοιχους αναπληρωτές τους που διορίζονται αναλόγως των αναγκών από το Δ.Σ. με προτάσεις του Γενικού Εφόρου.

Για την εύρυθμη λειτουργία του Σ.Ε.Π. και με απόφαση του Δ.Σ. η χώρα διαιρείται διοικητικά σε Εφορείες Περιοχών, Περιφερειακές και Τοπικές Εφορείες. Το Δ.Σ καθορίζει τις προϋποθέσεις σύστασης και λειτουργίας κάθε κλιμακίου, τα όρια ευθύνης και την μεταξύ των κλιμακίων εξάρτηση. Εφορείες δημιουργούνται και στις Περιοχές του Αποδήμου Ελληνισμού.